Международные космические игры реализуются в рамках федерального проекта «Кадры для космоса» Национального проекта по космосу при координации Министерства науки и высшего образования Российской Федерации и Госкорпорации «Роскосмос». Оператором МКИ выступает Национальный исследовательский университет «Высшая школа экономики» при методическом сопровождении проектного офиса Национальной технологической олимпиады (НТО) совместно с Кружковым движением Национальной технологической инициативы (НТИ).
Организаторы космических игр «МАРС-2045»: школа «СКОЛКА», Национальный исследовательский университет «Высшая школа экономики», проектный офис Национальной технологической олимпиады, Кружковое движение Национальной технологической инициативы, Госкорпорация «Роскосмос», Российский союз промышленников и предпринимателей.
Технологические партнёры проекта: Кибердом, Гильдия «Рубежи науки», «Образование будущего», «Братья Вольт», «Лоретт», Центр инженерно-космического и естественно-научного образования, Институт космических исследований РАН, «Полюс-НТ», «Технобиолаб», ОКБ «Пятое поколение».